我的问题是关于学生签证申请非日本护照

我儿子今年将在东京学习一个月,只是当时他应该申请中国学生X类型。因为我们都来自欧洲,我的儿子可以进入日本,并在那里呆90天没有签证,但只是在机场着陆许可由移民警察。在这种情况下,将中国领事馆在东京接受他的申请学生X型(非日语,和非居民申请人)?
注:他当然能够呈现必要的文件包括中文学校的录取通知书。